In Deutschland ist die Lohnsteuer eine so genannte Quellensteuer der Einkommenssteuer. Die Lohnsteuer gilt auf jegliche Einkünfte aus nichtselbstständiger Arbeit. Die Höhe der Lohnsteuer wird vom Arbeitgeber nach den Spezifikationen der elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmale berechnet. Der Jahressteuerbetrag beim Lohnsteuerjahresausgleich wird durch den Arbeitgeber in einer Weise berechnet, als das dieser Betrag der Einkommenssteuer entspricht, die auf den Arbeitslohn des Arbeitnehmers angewendet wird.
Neben dem Solidaritätszuschlag und der Kirchensteuer ist die Lohnsteuer vom Arbeitgeber einzubehalten. Vom Tag der Einbehaltung bis maximal zehn Tage nach dem Ablauf des Anmeldezeitraums sind diese Abgaben beim zuständigen Betriebsstättenfinanzamt abzuführen und anzumelden. Die Lohnsteuer ist im Sinne der Selbstveranlagung vom Steuerpflichtigen zu berechnen. Auf einem amtlich vorgeschriebenen Vordruck muss die Lohnsteueranmeldung abgegeben werden. Zugleich ist die Lohnsteuer abzuführen. Seit Beginn 2005 können Lohnsteueranmeldungen nur noch auf elektronischem Wege (ELSTER - die elektronische Steuererklärung über die Seite elster.de) an das Finanzamt übertragen werden.
Eigentlich ist der Arbeitnehmer der Schuldner der Lohnsteuer. Allerdings übernimmt die Lohnabrechnung bzw. die Berechnung der Lohnsteuer der Arbeitgeber, der den errechneten Betrag vom Bruttolohn einbehält und an das zuständige Finanzamt abgeführt. Die korrekte Abführung der Lohnsteuer ist somit Sache des Arbeitgebers. Dieser kann für fehlerhafte Lohnsteuerberechnungen haftbar gemacht werden. Beim Lohnsteuerabzug werden durch so genannte Lohnsteuerklassen individuelle Merkmale, wie beispielsweise Freibeträge oder der Familienstand, berücksichtigt. Diese Merkmale ergeben sich aus dem Einkommensteuerrecht. So gilt im Zeitraum 2013 beispielsweise ein Grundfreibetrag von 8130 €. Im Jahr 2014 wurde dieser Betrag auf 8354 € erhöht. Für Arbeitnehmer gilt seit 2011 des Weiteren ein so genannter Werbekostenpauschbetrag in Höhe von 1000 € sowie ein Pauschalbetrag für sonstige Ausgaben in Höhe von 36 € und eine bruttolohnabhängige Vorsorgepauschale.
Im Jahr 2013 betrug das Lohnsteuer aufkommen 158,198 Milliarden Euro. 42,5 % bekommen jeweils Bund und Länder, die restlichen 15 % stehen den Gemeinden zu.
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